Pondok Modern Asy-Syifa mempunyai Falsafah Kelembagaan, Pendidikan dan Pembelajaran yang dijadikan sebagai pedoman dan dasar-dasar kehidupan serta dinamika Pondok secara keseluruhan.
Falsafah Kelembagaan
Pondok adalah lapangan perjuangan, bukan lapangan penghidupan. Hidupilah pondok, dan jangan menggantungkan hidup kepada pondok. Pondok adalah tempat ibadah dan tholabul ‘ilmi. Pondok berdiri di atas dan untuk semua golongan.
Falsafah Pendidikan
Apa yang dilihat, didengar, dirasakan dan dialami oleh santri sehari-hari harus mengandung unsur Pendidikan.
Seluruh mata pelajaran harus mengandung Pendidikan akhlak. Berjasalah tetapi jangan minta jasa. Mau dipimpin dan siap memimpin, patah tumbuh hilang berganti. Berani hidup tak takut mati, takut mati jangan hidup, takut hidup mati saja, hidup sekali hiduplah yang berarti. Hanya orang penting yang tahu kepentingan, dan hanya pejuang yang tahu arti perjuangan.
Falsafah Pembelajaran
Al thariiqoh ahammu min al maddah, wa al mudarrisu ahammu min al thariiqah wa ruuh al mudarrisi ahammu min al mudarris.
Metode lebih penting daripada materi pelajaran, guru lebih penting dari pada metode, dan jiwa guru lebih penting daripada guru itu sendiri
Pondok memberi kail, tidak memberi ikan. Ujian untuk belajar, bukan belajar untuk ujian. Ilmu bukan untuk ilmu, tetapi ilmu untuk ibadah dan amal.
