Dalam melaksanakan program-program pendidikan dan pengajaran. Pondok Modern Asy-Syifa membentuk lembaga yang berpran dalam pendidikan santri selama 24 jam. Lembaga tersebut di bawah control langsung dari pak kiyai yang merupakan sentral figure dalam kehidupan pesantren.
Lembaga-lembaga tersebut adalah:
- Pengasuhan Santri
Lembaga yang membidangi pendidikan dan pembimbing santri secara keseluruhan, mencangkup pembinaan, penerapan disipilin, peningkatan ibadah, pembentukan mental karakter hingga berbagai aktivitas ekstrakulikuler penunjang pendidikan.
Lembaga ini membawahi dua organisasi santri:
- Organisasi Pelajar Pondok Modern (OPPM) yaitu organisasi santri KMI.
- Koordinator Gugus Depan Pondok Modern Asy-Syifa, yakni organisasi kepramukaan santri KMI.
- Kulliyatul-l-Mu’allimin Al-Islamiyyah (KMI)
Kulliyatul-l-Mu’allimin Al-Islamiyyah (KMI) adalah lembaga yang bertanggung jawab atas pelaksanaan program akademis bagi santri Pondok Modern Asy-Syifa pada jenjang pendidikan menengah dengan masa belajar 6 tahun. Setingkat Tsanawiyah dan Aliyah. KMI merupakan lembaga pendidikan guru islam yang mengutamakan pembentukan kepribadian dan sikap mental serta penanaman ilmu pengetahuan.
