Materi Pendidikan di Pondok Modern Asy-Syifa Balikpapan tergolong unik.

Ia merupakan pola terpadu dengan menggabungkan berbagai target pembinaan sekaligus. Setiap santri adalah pelajar madrasah yang menjalani aktivitas belajar seperti umumnya pelajar sekolah biasa. Hanya saja, selain belajar materi Pendidikan Islam, mereka belajar ilmu-ilmu umum, dan belajar bahasa asing (Arab dan Inggris)secara aktif. Itu masih ditunjang dengan pembiasaan disiplin ibadah, seperti sholat jamaah di masjid, berdzikir dan membaca Al-Qur’an.

Dari sisi keilmuwan agama, bisa dikatakan , santri Asy-Syifa pemahamannya standar bahkan lebih. Dari sisi ilmu umum ternyata juga cukup bersaing. Banyak alumni Asy-Syifa yang kemudian bisa masuk Perguruan Tinggi ternama, Fakultas Kedokteran, Penerbangan, IKIP, Fakultas Matematika dan lain sebagainya bahkan ada beberapa yang melanjutkan kuliah di luar negri. Dari sisi skill berbahasa asing, mereka memiliki modal kemampuan awal yang bisa diandalkan. Meskipun tentu, untuk mencapai kesempurnaan , patut disempurnakan di tingkat universitas (PT).

Di saming itu , santri-santri Asy-Syifa diajarkan untuk hidup sederhana. Hal itu terlihat dari menu makan sehari-hari, pakaian yang dipakai santri, fasilitas kamar untuk santri, fasilitas mandi untuk bersama, dan tempat tidur. Kesederhanaan ini memang merupakan filosofi Pendidikan Asy-Syifa. Mereka dididik untuk siap hidup dalam kondisi paling pahit sekalipun. Ungkapan yang sering menjadi acuan, “Membuat anak senang, sangatlah mudah. Tapi membuat mereka mau hidup sederhana, sangatlah sulit.” Kesedehanaan juga ditunjukkan oleh guru-guru atau ustadz-ustadzahnya.

Selain sederhana ialah kemandirian, kepemimpinan, olahraga, dan kepedulian social (dengan cara kerja bakti) saling membantu. Santri Asy-Syifa diberi ruang untuk olahraga, belajar kepemimpinan dan dilibatkan dalam kerja bakti dan dididik mental entrepreneurship Ketika duduk di kelas akhir KMI.

Asy-Syifa memiliki komitmen kuat terhadap nilai-nilai Islam. Hal itu terbukti dengan penerapan prinsip-prinsip Islam di lingkungan pesantren. Setiap wnita yang masuk pesantren diwajibkan berjilbab. Asrama pesantren untuk santri laki-laki terpisah degan asrama pesantren untuk santriwati. Ada Kawasan haram. Tidak ada penyatuan santri (siswa) di kelas seperti layaknya sekolah-sekolah madrasah umum. Dan tamu/ orangtua juga dilarang masuk ke kamar-kamar santri/santriwati.

Disiplin halal-haram juga dijaga ketat. Hingga, satiap santri laki-laki tidur malam harus memakai celana panjang (bukan sarung). Hal itu untuk menghindari kejadian-kejadian yang tidak diinginkan. Jika ada pelanggaran-pelanggaran serius. Seorang santri akan dipulangkan ke orangtua.