Mau memimpin dan siap dipimpin adalah salah satu motto dari Organisasi Pelajar Pondok Modern Asy-Syifa Balikpapan. Maka dari itu, guna menciptakan kader-kader pemimpin umat dan Negara yang kompeten dan bertalenta dalam mengatur sebuah organisasi besar di masyarakat kelak, maka seluruh santri dituntut agar memiliki dan kaya pengalaman kepemimpinan walaupun dimulai dari sebuah organisasi yang kecil seperti ketua kamar, ketua kelas, ketua club olahraga, hingga yang besar seperti terlibat dalam OPPM yang wilayah kerjanya adalah mengorganisir aktifitas dan kehidupan para santri didalam asrama secara mandiri.
“ Patah tumbuh hilang berganti ” adalah motto OPPM juga karena setiap pertengahan tahun ajaran diadakan kegiatan pergantian Organisasi Pelajar Pondok Modern ( OPPM ) dari siswa kelas VI KMI digantikan oleh siswa kelas V KMI untuk mengemban amanah selama setahun masa jabatan. Dalam kegiatan ini dimulai dengan pembacaan Laporan Pertanggung Jawaban ( LPJ ) oleh pengurus lama kemudian di teruskan dengan serah terima jabatan dan pelantikan pengurus OPPM baru.
Untuk menambah wawasan dan mempersiapkan mental pengurus baru maka dalam awal mengemban amanah diadakanlah pembekalan dari ustadz dan ustadzat tentang leadership, keorganisasian, Pengelolaan Ekstra Kulikuler cara bermusyawarah dan mengambil keputusan dan lain sebagainya yang berkaitan dengan organisasi. Hal ini bermaksud untuk membentuk sifat kepemimpinan, dan kecakapan berorganisasi sehingga pendidikan dan pengalaman selama dipondok ini diharapkan dapat diterapkan dalam kehidupan bermasyarakat. Kegiatan-kegian yang ditangani oleh OPPM adalah :
- Membantu pengasuhan dalam hal menegakkan kedisiplinan para santri dan dalam penggunaan bahasa resmi pondok.
- Membantu pondok dan KMI dalam berbagai event yang melibatkan santri didalam maupun diluar pondok.
- Membentuk dan membina jami’atul qiro’ah, mauled habsyi, kelompok pidato 3 bahasa, klub olahraga, kursus seni dan kursus bahasa.
- Mengadakan berbagai event seperti bazaar, perlombaan dan pentas seni.
- Melaporkan program dan hasil kerja sebulan sekali kepada pimpinan pondok.
