Seluruh kehidupan di Pondok Modern Asy-syifa dilandasi dan dijiwai oleh nilai-nilai Islam yang dapat dikumpulkan dalam Panca Jiwa yaitu:
1. Keikhlasan
Keikhlasan jiwa berarti sepi ing pamrih, yakni berbuat sesuatu bukan karena didorong oleh keinginan untuk mendapatkan keuntungan tertentu. Segala perbuatan dilakukan dengan niat semata-mata untuk ibadah lillahi ta’ala. Kiai ikhlas mendidik dan para pembantu Kiai ikhlas dalam membantu menjalankan proses pendidikan, demikian juga para santri yang ikhlas dididik. Jiwa ini menciptakan suasana kehidupan pondok yang harmonis dan menjadikan santri senantiasa siap berjuang di jalan Allah.
2. Kesederhanaan
Sederhana berarti wajar, sesuai kebutuhan tidak pasif atau dalam bahasa jawa disebut nrimo, tidak juga berarti miskin atau melarat. Justru dalam jiwa kesederhanaan ini terdapat nilai-nilai kekuatan, kesanggupan, ketabahan, dan penguasaan diri dalam menghadapi perjuangan hidup. Di dalamnya terpancar jiwa besar.
3. Kemandirian (Berdikari)
Kesanggupan menolong diri sendiri merupakan senjata ampuh yang dibekalkan pesantren kepada para santrinya. Bukan hanya berarti bahwa santri sanggup belajar dan berlatih mengurus segala kepentingannya sendiri, tetapi pondok pesantren juga sanggup berdikari sehingga tidak pernah menyandarkan kehidupannya kepada bantuan atau belas kasihan pihak lain. Pondoknya mandiri, demikian pula organisasi, system, kurikulum, pendanaan, hingga sumber daya manusianya seluruhnya berprilaku mandiri.
4. Ukhuwah Islamiyah
Kehidupan di pondok penuh dengan keakraban sehingga segala suka dan duka dirasakan bersama dalam jalinan ukhuwah diniyah. Tidak ada dinding yang dapat memisahkan antara mereka. Ukhuwah ini tidak hanya selama berada di pondok tetapi juga berpengaruh pada persatuan ummat dalam masyarakat setelah mereka terjun ke masyarakat.
5. Kebebasan
Bebas dalam menentukan masa depan, bebas dalam memilih lahan perjuangan, bebas memilih lapangan penghidupan. Menjadi Petani, Pedagang, Pegawai, Militer, dan berbagai profesi lainnya, selama memberikan manfaat dan tetap mengemban misi perjuangan sebagai pendidik dan da’I di Masyarakat.
