Sebagai Lembaga Pendidikan kader pemimpin yang mengutamakan pembentukan mental karakter anak didiknya, Asy-Syifa menerapkan system Pendidikan yang Integratif, Komprehensif, dan Mandiri.
Integratif
Integrative maksudnya keterpaduan antara intra, ekstra maupun kokulikuler dalam satu kesatuan. Sehingga mampu secara konsisten memadukan tripusat Pendidikan (Pendidikan keluarga, sekolah dan masyarakat) dalam satu program.
Memadukan antara keunggulan system Pendidikan pesantren dan system pengajaran madrasah dalam satu paket. Mengintegrasikan antara iman, ilmu dan amal, antara teori dan praktek dalam satu kesatuan.
Komprehensif
Komprehensif maksudnya bersifat menyeluruh dan komplit,mengasah semua potensi kemanusiaan, (intelektualitas, spiritualitas, mentalitas serta fisik) menuju kesempurnaan.
Dalam kurikulum pengajaran, menekankan pada keseimbangan antara ilmu agama dan umum, mencakup semua ilmu yang bersifat metodologis maupun bersifat material dan tidak mengenal sistem dikotomis ilmu pengetahuan.
Mandiri
Mandiri maksudnya sebagai lembaga Pendidikan, Asy-Syifa bersifat mandiri, demikian pula organisasi, pendanaan, sistem, kurikulum, hingga manusia-manusianya mandiri.
Seluruh santri dan guru dilatih untuk mengatur tata kehidupan pondok secara menyeluruh (Self government) tanpa melibatkan orang lain.
Hal ini juga menjadi sarana Pendidikan yang efektif bagi santri dan guru.
Sarana utama dalam Pendidikan di Pondok Modern Asy-Syifa adalah keteladanan, pembelajaran, penugasan dengan berbagai macam kegiatan, pembiasaan dan pelatihan, sehingga terciptalah milliu yang kondusif, karena seluruh santri tinggal di dalam asrama dengan kedisiplinan tinggi.
Setiap kegiatan dikawal dengan rapat, disertai pengarahan, bimbingan dan evaluasi, serta diisi dengan pemahaman terhadap manfaat, sasaran dan latar belakang filosofisnya. Dengan demikian seluruh dinamika aktivitas tersebut dapat berjalan dengan baik dan memberikan hasil optimal.
