Madrasah Asy-syifa adalah satuan pendidikan yang ada di Pondok Modern Asy-syifa Balikpapan dengan jenjang pendidikan setingkat MI, MTs, dan MA. MI Asy-syifa memiliki kurikulum yang mengacu pada Kemenag, Kemendikbud dan Program Pengembangan tersendiri dengan sistem pembelajaran pulang pergi atau tidak berasrama. Sedangkan Jenjang Pendidikan MTs dan MA merupakan jenjang pendidikan berbasis dan berbentuk “Pondok Pesantren” dalam satu kesatuan pendidikan Kulliatul Mu’allimin Ak-Islamiyah (KMI). Masa belajar di KMI Pondok Modern Asy-syifa Balikpapan adalah 6 tahun bagi tamatan Sekolah Dasar/Madrasah Ibtidaiyah (Program Reguler).